该电影讲述了生活在台湾南部，兰屿岛上的小男孩马那位 , 和调到兰屿当教师的仲勋，一起为传统舞蹈比赛努力的故事。
马那位是兰屿岛上家境贫寒的留守儿童。他的父亲在高雄当出租车司机赚钱养家，他与祖母和叔叔生活在一起，所以他时常感到孤独，非常渴望父爱。所以他常常在海边张望盼着父亲的归来。一次，在他 坐在海边等待父亲的时候，他遇到了被迫调到兰屿，将要成为自己新老师的仲勋。仲勋并不喜欢条件落后的兰屿，他渴望能有一个机会，让他调回台湾生活。
马那位因为鞋坏掉，漏洞，而不得不穿拖鞋上学，并因此受罚。后来仲勋知道马那位是因为唯一一双鞋子才不得不穿拖鞋上学，决定每天接送他，并给他补习。
仲勋得到了一个能调回台湾的机会，只要他带领椰油小学参加传统原住民舞蹈大赛，并获奖，就可以因表现良好调回台湾本岛当教师。他迫切希望调回去，不仅是因为兰屿落后的环境，也因为他正面临着与女友的情感危机。起初，马那位和班上的其他小孩子一样，一开始并不喜欢兰屿传统舞蹈，因为跳这个舞蹈只能穿丁字裤，这让小男孩们很难为情。后来在仲勋和舞蹈老师的努力下，小男孩们，逐渐喜欢上了跳原住民舞蹈和当地传统文化。这时恰巧马那位的父亲回到了兰屿，马那位希望父亲能来看自己跳舞，可是父亲对此兴趣并不高，没有看完就乘船离开了兰屿，马那位非常失落。
他和班上的小男孩一起在老师的带领下，到高雄参加原住民传统舞蹈大赛，他希望这次，在高雄的父亲可以来看他表演，然而父亲再次缺席了。心碎的马那位独自跑去找父亲，可是父亲忙于接送乘客，没有时间理他。伤心马那位跳进了爱河游泳，后被警察救起，与随后赶到的老师仲勋一起离开高雄，回到兰屿。
这部影片的主题是传统文化的缺失，和留守儿童对父爱亲情的渴望。影片的英文名，Long time no sea， 和一句不规范的英文long time no see 很像，这句英文的意思是很久不见。从这一点相似处可以看出导演的别具匠心，一语双关。
一方面，long time no see的俗语语义与影片中的小男孩很久不见他的父亲，非常思念父亲有关联。影片中有许多镜头都是小男孩在蔚蓝的海边望着船，或望着天上的飞机，他期望父亲可以乘船和飞机回来。但是为生计奔波的父亲，却经常不能回应马那位的爱，这让他非常伤心失望。影片中有很多马那位对父亲失望的表情特写，这些特写很好地表现了马那位的心碎。电影中令我印象深刻的是关于出租车上的后视镜的一组镜头，镜头中的后视镜倒映出追着出租车的马那位，但是父亲的车却不肯为他停下，他渐渐追不上，非常触动人心。
接下来他伤心的跳入爱河游泳，希望感受下父亲所说的爱河的美丽，这里导演使用了一组非常巧妙的剪辑，镜头拍着光秃秃的爱河底，然后瞬间转到了兰屿海底那一片漂亮的珊瑚礁，又转到马那位和父亲一起在兰屿大海游泳的画面，使观众瞬间读懂了导演表达的意思：小男孩并没有感受到爱河的美，他觉得和父亲一起游泳过的兰屿海底更美。然后，马那位 依偎在老师的怀中，讲他哭不出来，他的眼泪都留在了爱河里，这句台词从小男孩 口中说出来，令观众感受到了他 巨大的悲伤与绝望，非常能触动观众的情绪，。
另一方面，兰屿的特色之一就是它拥有着非常美丽的海，long time no sea中的sea 在这里或许代表着兰屿的传统文化，土著文化逐渐在年轻一代中衰落，在当地年轻一代人中很久不见。导演也用了很多情节来表达当地土著文化的衰落，比如小男孩马那位和祖母吵着想吃排骨面，热狗，鸡排等代表现代文明的快餐，不想吃代表兰屿传统文化的食物，洋芋和鱼；还有，影片中表演舞蹈的小男孩们觉得穿传统丁字裤很难为情，并不认同这一存在许久的当地传统服饰，也不了解其中的文化内涵。
传统文化的衰退，在男孩的父亲身上表现的最明显。男孩子的父亲常年在高雄打工，不回家，对故土没有留恋，觉得高雄才是能赚钱改变命运的地方，并且不喜欢观看儿子跳兰屿的土著舞。父亲并不是不爱儿子的，导演在影片中，给了没能观看孩子的演出的父亲一个近镜，站在海边等船的他，一脸愧疚，或许在他心中，兰屿的舞蹈，兰屿的传统舞蹈，都与他贫穷困苦的生活联系在了一起，他看到就会觉得痛苦，所以宁愿伤害儿子的心，都不想看儿子的表演。
只有大海知道，建立在导演的亲身经历上，这位导演就是兰屿原著民的一员，另外，影片中除了老师仲勋是由专业演员扮演外，其他人都是非专业的兰屿原住民，所以整个影片显得非常真实淳朴。个人觉得，这部影片很好的表现了现代文明和传统文化的冲突，以及贫苦环境中，留守儿童成长中的痛苦，值得观看。
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